Episode 1 - Une Nouvelle Ère (partie 1)
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Alors que Ryland est jugé pour le scandale de l'Inhibiteur de la Promicine, on tente de le tuer. Un mystérieux groupe appelé Nova revendique cette acte. Lily et Isabelle sont, quant à elles, devenues plus âgées.

Episode 2 - Une Nouvelle Ère (partie 2)
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Isabelle a du mal à s'accepter et tente de sauver sa mère. Gary Navarro est poursuivi par le NTAC qui craint la date du 19 octobre.

Episode 3 - Copie presque conforme
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Tom est accusé du meurtre de T.J. Kim qu'il n'a pas commis. Il tombe alors sur la personne de Boyd Gelder, un jeune Revenant.

Episode 4 - Disparus (partie 1)
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Maia reçoit la visite d'une femme qui prétend être sa soeur. Cette apparation laisse Diana perplexe...

Episode 5 - Disparus (partie 2)
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Tom voit les mondes parfait d'Alana interrompus par l'intervention d'une petite fille du nom de Maia.

Episode 6 - L'Ange de la Mort
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Atteint d'une folie soudaine, Shawn se retrouve interné en hôpital psychiatrique. Mais Isabelle, persuadée que ses symptômes sont l'oeuvre d'un 4400, va tout faire pour retrouver le coupable...

Episode 7 - Les Fugitifs
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Toujours en cavale, Gary Navarro est localisé par le NTAC. Mais juste avant l'intervention des agents, le Revenant est prévenu par téléphone et parvient à s'enfuir...

Episode 8 - Blink
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Une nouvelle drogue appelée Blink entraine des hallucinations chez les gens qui la prennent. Alors qu'ils découvrent que cette nouvelle substance serait issue d'un pouvoir de 4400, Tom Baldwin et Diana Skouris en prennent à leur insu...

Episode 9 - L'Expérience interdite
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Kevin Burkhoff, dans un état préoccuppant, est porté disparu. Les agents vont alors voir Tess Doerner. En parallèle Diana semble avoir une étrange maladie.

Episode 10 - Unité d'Elite
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Une série de meurtres étranges se produit: en effet les corps sont oxydés et portent tous un numéro. Ils ont tous quelque chose en commun: une mutation sur un chromosome. Pour Shawn, le mariage est proche, mais des visions de son futur changent la donne.

Episode 11 - Résurrection
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Le mariage de Shawn et Isabelle est reporté et le NTAC est activement à la recherche de Jordan Collier, mystérieusement réapparu. De son coté, Diana, qui a de la visite, doit faire face à une embarrassante prédiction de Maia...

Episode 12 - La guerre du Futur...
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Alors que Jordan Collier expose au monde entier les enjeux du combat qui va avoir lieu, le NTAC subit une évasion des membres de Nova. Quelqu'un cherche à rassembler le groupe terroriste, et Shawn ne se sent pas en sécurité.

Episode 13 - ...Sera menée dans le Passé
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Une vidéo de propagande ventant les mérites de la promicine circule sur Internet, et met en scène Devon, une des employées du Centre des 4400, en train de se faire une injection. Le NTAC soupçonne imméditament Jordan Collier et ses acolytes de se cacher derrière tout ça...